La referencia más antigua que se tiene del sitio Quiriguá es de alrededor de 1798, cuando don Juan Payes y Font adquirió terrenos al Este de la población de Los Amates, hasta el río Motagua, donde haciendo un recorrido con sus hijos, para conocer sus tierras, descubrió el sitio y sus monumentos.

En 1841, John L. Stephens público su obra “Incidentes de viaje por Centroamérica, Chiapas y Yucatán”. En esta obra se presenta por primera vez una breve descripción del sitio, los monumentos y los primeros dibujos de las estelas.

De 1881 a 1884, Alfred P. Maudslay inició el primer estudio de carácter científico. Realizó actividades de limpieza en los monumentos; tomó fotografías e hizo dibujos, además, sacó moldes para hacer copias que exhibió en Inglaterra y Estados Unidos.

La propiedad de don Juan Payes y Font fue vendida por sus hijos a la United Fruit Company. En 1910 elaboró un convenio por medio del cual se destinaron 34 hectáreas de terreno alrededor del núcleo principal del sitio para la conservación de los monumentos y el bosque. En los siguientes años (1910 a 1914), Edgar Lee Hewett junto con la participación de Sylvanos Morley, Jesse L. Nusbaum y, la escuela de Arqueología Americana del Instituto de Arqueológico de Estados Unidos de América realizó un estudio detenido de las inscripciones jeroglíficas y monumentos.

En 1919 y 1923, Silvanus Morley regresa a Quiriguá junto con Oliver Ricketson y el instituto Carnegie de Washington. Los trabajos se concentraron en recolocar las estelas E, H, I, J sobre bases de hormigón, y en excavar alrededor de los cimientos de estas en búsqueda de ofrendas o escondites, descubriendo los altares zoomorfos O y P.

Para 1973 y 1974, Robert Sharer y Christopher Jones miembros de la universidad de Pensilvania excavaron la ciudad y sus monumentos, además, realizaron trabajos de restauración.

Los estudios elaborados durante las últimas dos décadas del siglo XX y la primera del siglo XXI se vieron caracterizados principalmente por ser epigráficos e iconográficos.

De 1981 al 2008, los investigadores guatemaltecos (Rene Ugarte, Jorge Martin Ortiz, Miriam de Polanco y José Crasborn) del Instituto de Antropología e Historia de Guatemala realizaron trabajos de investigación y restauración.

En el 2007, Matthew Looper publica una guía de la ciudad de Quiriguá, dando así por finalizado una serie de investigaciones. En este mismo año se elabora el Plan de Manejo 2008-2012 para el Parque Arqueológico Quiriguá por parte del Departamento de Conservación y Restauración de Bienes Culturales de la Dirección General de Patrimonio Cultural y Natural, Instituto de Antropología e Historia.

A partir del 2009 al 2011, el sitio arqueológico ha sido utilizado para las prácticas de gabinete y campo de los estudiantes de la Licenciatura en Arqueología de la Universidad de San Carlos de Guatemala.